Životopis: Studoval na gymnasiu a poté hudební vědu na Filozofické fakultě UK v Praze.  Zaujal už svoji diplomovou prací Příspěvky ke zpěvu Jednoty bratrské.  V letech 1954-1964 byl asistentem na pražské Katedře hudební vědy. Zde získal roku 1969 titul PhDr. (disertace Nejstarší český tištěný kancionál z roku 1501 jako hudební pramen).  Od roku 1965 byl Jan Kouba zaměstnán jako odborný pracovník v Ústavu pro hudební vědu Československé akademie věd. Jedním z jeho prvních pracovních úkolů byl průzkum hudebních památek v českých institucích provedený společně s Jaroslavem Bužgou, Evou Mikanovou a Tomislavem Volkem, jehož výsledkem byla publikace Průvodce po pramenech k dějinám hudby (Praha 1969). Vypracovával bibliografii české muzikologické produkce pro Jahrbuch für Liturgik und Hymnologie (Hymnologische Forschung in Tschechoslowakei, za léta 1966–1982) a pro Hudební vědu (1987–89). Pro RISM vytvořil soupis Hymnologia Bohemica et Slovaca (soupis notovaných písňových tisků od počátků do 1800). V letech 1972–1988 pracoval jako výkonný redaktor časopisu Hudební věda. V Ústavu pro hudební vědu ČSAV působil do roku 1993. Jeho hlavní výzkumnou oblastí jsou dějiny české hudby 15. a 16. stol. se zaměřením na hymnografii. Kapitolami o renesanční hudbě se podílel na souhrnných pracích: Československá vlastivěda (Praha 1971), Dějiny české hudby v obrazech: Od nejstarších památek do vybudování Národního divadla (Praha 1977) a Hudba v českých dějinách (Praha 1983, 2. vydání 1989). Do oborové monografie Hudební věda (Praha 1988) přispěl statí o hudebně vědecké dokumentaci. Je spoluautorem hesla "Tschechoslowakei" v prvním vydání MGG (sv. 13, Kassel 1966), pro tuto encyklopedii dále napsal několik osobních hesel. Pro Slovník české hudební kultury (Praha 1997) vypracoval hesla "Husitství", "Jednota bratrská", "Kancionál" a "Reformace". Jeho kniha ABC hudebních slohů (Praha 1988) vysoce přesahuje nároky popularizační literatury.

Relevantní bibliografie:
1. Kancionály Václava Miřínského. In: Miscellanea musicologica 8, 1959, s. 1–146.
2. Václav Klejch a jeho “Historia o vydání kancionálů v národu českém”. In: Miscellanea musicologica 13, 1960, s. 61–203.
3. Blahoslavův rejstřík autorů českobratrských písní a jeho pozdější zpracování. In: Miscellanea musicologica 17, 1962, s. 1–175.
4. Zu den Liedern des Ján Sylvanus. In: Jahrbuch für Liturgik und Hymnologie 11, 1966, s. 169–170.
5. Der älteste Gesangbuchdruck von 1501 aus Böhmen. In: Jahrbuch für Liturgik und Hymnologie 13, 1968, s. 78–112.
6. Jan Hus und das geistliche Lied. In: Jahrbuch für Liturgik und Hymnologie 14, 1969, s. 190–196.
7. Průvodce po pramenech k dějinám hudby: fondy a sbírky uložené v Čechách, Praha 1969 (s J. Bužgou, E. Mikanovou a T. Volkem).
8. Období reformace a humanismu (1434–1620). In: Mirko Očadlík - Robert Smetana, ed. Československá vlastivěda, sv. IX/3, Praha, 1971, s. 53–86.
9. Německé vlivy v české písni 16. století. In: Miscellanea musicologica 27–28, 1975, s. 117–177.
10. Koledy v předbělohorských písňových pramenech. In: Miscellanea musicologica 30, 1983, s. 9–37.
11. ABC hudebních slohů: od raného středověku k W.A. Mozartovi, Praha 1988.
12. Hudebně vědecká dokumentace. In: Vladimír Lébl, ed. Hudební věda, sv. III, Praha 1988, s. 891–988.
13. Nejstarší české písňové tisky do roku 1550. In: Miscellanea musicologica 32, 1988, s. 21–92.
14. Od husitství do Bílé hory (1420–1620). In: Jaromír Černý et al. Hudba v českých dějinách, Praha 1983, ²1989, s. 83–146.